Rada Kościoła jest władzą wykonawczą Kościoła. Skład Rady stanowią przedstawiciele Okręgów Kościoła oraz Przewodniczący Rady Kościoła powoływany przez Krajową Konferencję Kościoła. Obecna Rada Kościoła została powołana na trzyletnią kadencję (lata 2007 - 2010). Skład Rady jest następujący:

Przewodniczący Rady Kościoła
prezb. Gustaw Cieślar

Prezydium Rady Kościoła
Skład Prezydium: Gustaw Cieślar – przewodniczący, Adam Gutsche, Sławomir Paweł Zientarski - członkowie.

Członek Rady Kościoła
prezb. Jerzy Rogaczewski - reprez. Okręgu Śląskiego

Członek Rady Kościoła
Wiesław Poterewicz - reprez. Okręgu Lubelskiego

Członek Rady Kościoła
prezb. Adam Gutsche - reprez. Okręg Gdański

Członek Rady Kościoła
prezb. Mieczysław Piotrowski - reprez. Okręg Białostocki

Czlonek Rady Kościoła
prezb. Piotr Zarecki - reprez. Okręg Mazurski

Członek Rady Kościoła
prezb. Ireneusz Skoczeń - reprez. Okręg Południowy

Członek Rady Kościoła
prezb. Daniel Trusiewicz - reprez. Okręg Dolnośląski

Członek Rady Kościoła
Sławomir Paweł Zientarski - reprez. Okręgu Pomorskiego