Choć Kościół Rzymskokatolicki twierdzi, że prymat papieża był uznawany od czasów samego apostola Piotra, to jednak doktryna ta pojawiła się po raz pierwszy w formie pisemnej na Pierwszym Soborze Watykańskim w 1870 roku: “Sądzimy, że jest to konieczne by przedstawić wierze i akceptacji wszystkim wierzącym zgodnie z antyczną i stałą wiarą Kościoła Katolickiego doktrynę dotyczącą instytucji, stałości i natury świętego Prymatu Apostolskiego. Dlatego też, nauczamy i deklarujemy, że zgodnie ze świadectwem Ewangelii, prymat jurysdykcji nad Kościołem Bożym był natychmiast i bezpośrednio obiecany i dany błogosławionemu Piotrowi (…) Dlatego też, jeśli ktoś twierdzi, że błogosławiony Piotr, Apostoł, nie był wyznaczony Księciem wszystkich Apostołów i widzialną Głową całego Kościoła (…) niech będzie anathema” (Watykan I, Sesja 4, 18 lipca, 1870 “O Instytucji Apostolskiego Prymatu Błogosławionego Piotra”). Watykan II podtrzymał w 1962 roku tą samą doktrynę używając trochę innego języka.
Na poparcie swojego stanowiska, Kościół Katolicki podaje trzy teksty: Jn 21:15-17; Łk 22:31-32 i Mt 16:18-19. Ten ostatni tekst uważany jest za podstawę i fundament doktryny prymatu papieża i nim zajmiemy się najpierw. Wersety zapisane w Mt 16:18-19 mówią: “Otóż i Ja tobie powiadam: Ty jesteś Piotr, i na tej Skale zbuduję Kościół mój, a bramy piekielne go nie przemogą. I tobie dam klucze królestwa niebieskiego; cokolwiek zwiążesz na ziemi, będzie związane w niebie, a co rozwiążesz na ziemi, będzie rozwiązane w niebie.” (co ciekawe tłumaczenie zwane potocznie “Tysiąclatką” dodaje po imieniu “Piotr” słowa wyjaśniająco-interpretujące, których nie ma w grece: “czyli Skała”). Stwierdzenie Jezusa zapisane w tych wersetach nastąpiło bezpośrednio po wyznaniu Piotra, że Jezus jest Mesjaszem, Synem Boga żywego. Imię Piotr w grece brzmi Petros. Problemem, na który napotykają egzegeci Mateusza 16 jest fakt, iż słowo Petros znaczy kamień i jest rodzaju męskiego. Jezus natomiast stwierdził, iż na “tej skale” (rodzaj żeński) zbuduje swój Kościół. Cóż jest ową “skałą”? Czy zmiana rodzaju z męskiego na żeński ma za zadanie pokazanie zmiany w odnośniku? Wbrew twierdzeniom Kościoła Katolickiego, nie wszyscy chrześcijanie rozumieją ten fragment tak samo jak Watykan I i nawet sam Kościół Katolicki nie zawsze tak interpretował ten tekst. Historia zna pięć głównych sugestii odnośnie znaczenia słowa “skała” w wersecie 18. Według nich skałą jest: - Piotr, jako lider powstającego kościoła, lecz nie jako Głowa Kościoła i bez linii sukcesorów; - Wyznanie o Chrystusie jako Mesjaszu, Synu Bożym; - Sam Jezus (1 Kor 10:4); - Piotr jako jeden z apostołów na fundamencie których Kościół jest zbudowany (Ef 2:20); - Piotr jako Książe apostołów wraz ze swoimi zastępcami zwanymi papieżami.
Niejasność odnośnie rzeczy lub osoby nazwanej “skałą” jest mało pomocna dla pozycji Kościoła Katolickiego, szczególnie w świetle zapisów z soboru Watykańskiego. Pomimo stwierdzenia, że ostatnia opcja była zawsze główną wykładnią Mateusza 16:18 rozumiana tak przez wiernych i przez sam kościół, to jednak historia Kościoła ukazuje, że to cztery pierwsze opcje istniały w pierwszych wiekach i były popierane przez Ojców Kościoła. Francuski katolicki historyk, Launoy, zbadał co Ojcowie Kościoła myśleli o znaczeniu “tej skały” i jego badania dały następujący wynik: 17 uważało, że jest nią Piotr ale 16 z nich nie widziało w tym sukcesji; 16 uważało, iż tą skałą jest Jezus; 8 myślało, że chodzi tu o wszystkich apostołów, a 44 twierdziło że mowa tu o wyznaniu Piotra, które to zdanie było powszechne nawet w czasie Soboru w Trydencie. Sam Augustyn napisał, że według niego tą skałą był Chrystus, choć wyznanie było jego druga opcja. Tak wiec Tradycja nie wspiera obecnej interpretacji Kościoła Rzymsko-katolickiego.
Pozostałe dwa fragmenty które służą jako pośredni dowód wspierający doktrynę prymatu Piotra to Łk 22:31-32 (“Szymonie, Szymonie, oto szatan domagał się, żeby was przesiać jak pszenicę; ale Ja prosiłem za tobą, żeby nie ustala twoja wiara. Ty ze swej strony utwierdzaj twoich braci”) oraz Jn 21:15:17 (“A gdy spożyli śniadanie, Rzekł Jezus do Szymona Piotra: Szymonie, synu Jana, czy miłujesz Mnie więcej aniżeli ci? Odpowiedział Mu: Tak, Panie, Ty wiesz, że Cię kocham. Rzekł do niego: Paś baranki moje! I znowu, po raz drugi, powiedział do niego: Szymonie, synu Jana, czy miłujesz Mnie? Odparł Mu: Tak, Panie, Ty wiesz, że Cię kocham. Rzekł do niego: Paś owce moje! Powiedział mu po raz trzeci: Szymonie, synu Jana, czy kochasz Mnie? Zasmucił się Piotr, że mu po raz trzeci Powiedział: Czy kochasz Mnie? I Rzekł do Niego: Panie, Ty wszystko wiesz, Ty wiesz, że Cię kocham. Rzekł do niego Jezus: Paś owce moje!”).
W Ew. Jana 21:15-17 Jezus odnawia relacje Piotra ze sobą, po tym jak apostoł zaparł się Chrystusa aż trzy razy. Trudno nie zauważyć pewnej symboliki: potrójne zaparcie się Piotra, potrójne osobiste pytanie i potrójne polecenie. Podobnie jak w przypadku poprzedniego tekstu, trudno dostrzec tu nie tylko jakąkolwiek sukcesję ale również czegoś nadzwyczajnego w kontekście całego Nowego Testamentu. Jeśli stwierdzenie o pasieniu Bożej trzody oznaczało powołanie do bycia papieżem, tak jak pytający to sugeruje, to wówczas już w pierwszym wieku mieliśmy wielu papieży działających w tym samym czasie: Pierwszy list Piotra 5:1-2 mówi: Starszych więc, którzy są wśród was, proszę, ja również starszy, a przy tym świadek Chrystusowych cierpień oraz uczestnik tej chwały, która ma się objawić: Paście stado Boże, które jest przy was, strzegąc go nie pod przymusem, ale z własnej woli, jak Bóg chce; nie ze względu na niegodziwe zyski, ale z oddaniem; Również inne fragmenty Nowego Testamentu używają tych samych greckich słów, użytych przez Jezusa do Piotra, do określenia służby pełnionej przez osoby ustanowione ponad zborami. Nawet odwołanie się do Tradycji nie jest w stanie wesprzeć interpretacji pytającego. Cyryl z Aleksandrii, Ojciec Kościoła żyjący w latach 370-444, napisał jeden z najwcześniejszych komentarzy do tego fragmentu Pisma mówiąc: “Jeśli ktoś pyta o powód dla którego On pytał Szymona my (…) odpowiadamy, że św. Piotr wraz z innymi uczniami był już wybrany do apostolstwa, ale ponieważ w międzyczasie Piotr upadł (gdyż w wielkiej trwodze potrójnie zaparł się Pana), On teraz leczy tego, który jest chory, i wstawia potrójne wyznanie w miejsce potrójnego zaparcia (…) kompensując upadek poprawą.”
W drugim pośrednim tekście dowodowym cytowanym przez Watykan I (Łk 22:31-32) szczególnie ważne dla Kościoła Katolickiego są ostatnie słowa: “Ty ze swej strony utwierdzaj swoich braci.” Jednak obecnie, prawie żaden katolicki teolog nie opiera się na tym wersecie by poprzeć dogmat prymatu Piotra. Powyższe rozważania jak i lektura Nowego Testamentu pokazują, iż apostoł Piotr będąc liderem wśród uczniów Jezusa nie był ustanowiony w żaden sposób ponad nimi. Jego listy jak i reszta Biblii w żaden sposób nie odzwierciedlają takiej teorii. Jak można przeczytać, inni nie widzieli Piotra jako tego, któryby pełnił funkcję podobną obecnie do funkcji papieża. Inni czuli się na tyle wolni i równi Piotrowi, iż jawnie przy nim krytykowali apostola gdy zachodziła taka potrzeba. Dlatego też nie widzimy żadnych biblijnych podstaw do uznania prymatu Piotra w kościele a tym bardziej uznania go jako Głowę Kościoła, gdyż według Nowego Testamentu, taka Głową jest jedynie Jezus Chrystus.